传输&下载&基础处理

CZHanoiMarch 2, 2026

"Wherefore criest thou unto me?
speak unto the children of Israel,
that they go forward."
— Exodus 14:15 (King James Version)

传输

rclone

tips: 现在除非特别简便的小文件，大部分推荐使用rclone，最重要的优势是可以挂在后台，终端关掉依然继续运行；而scp等其他工具使用nohup和输入密码操作会冲突。

安装：

mamba install rclone

SCP

scp -P 59813 -r ./pre chenzhh@10.190.248.214:/public/home/chenzhh/Ashoka/Fro
scp -P 30299 -r ./Fro/ zy_22111220045@10.193.2.99:/cpfs01/projects-HDD/cfff-afe2df89e32e_HDD/zy_22111220045/Data
#当前目录下所有文件
scp -P 30089 -r "$(pwd)" zy_22111220045@10.193.2.99:/cpfs01/projects-HDD/cfff-afe2df89e32e_HDD/zy_22111220045/Data/stereo/

下载

synapse

之前的情报有误，其实大部分文件还是可以下载的，只有设计基因组原始文件需要二次审批，由PI写一个申请，我没有尝试过；

安装

官方文档 synapse-api-clients

# mamba activate /cpfs01/projects-HDD/cfff-afe2df89e32e_HDD/zy_22111220045/miniforge3/envs/ucsc_kent_compat
pip install synapseclient

synapse login -p "authtoken"
# 输入自己的token
synapse -h

authtoken获取

使用

nohup bash -c '
synapse get -r syn61929919 \
  --downloadLocation "./syn61929919" \
  --manifest root

download_rc=$?
printf "%s\n" "$download_rc" > "../logs/syn61929919.exitcode"
exit "$download_rc"
' > "../log/syn61929919.download.log" 2>&1 &

ZIP

zip -r TF.zip ./TF -x "*/.git/*" -x "*/__pycache__/*" -x "*.pyc"