Mamba

CZHanoiMarch 2, 2026

"Time crumbles things; everything grows old and is forgotten under the power of time."
— Aristotle

mamba环境管理

STalign

ST配准

Faxai

mamba create -n Faxai -c conda-forge --override-channels python=3.11 scanpy pandas jupyterlab ipykernel -y

mamba activate Faxai

python -m ipykernel install --user --name faxai --display-name "Py311 Faxai"

pip install glasbey

单细胞数据的基础分析

mamba activate Faxai
mamba install -c conda-forge -c bioconda --strict-channel-priority r-base=4.4 r-cli r-crayon r-hdf5r r-matrix r-r6 r-rlang r-seurat r-seuratobject r-stringi r-withr

Rscript -e 'install.packages("remotes", repos="https://cloud.r-project.org")'
R CMD INSTALL /home1/chenzhh/package/R/seurat-disk-master
# Test
Rscript -e 'library(SeuratDisk); cat("SeuratDisk version:", as.character(packageVersion("SeuratDisk")), "\n")'
Rscript -e 'library(SeuratDisk); sessionInfo()'

mamba install r-irkernel -y

mamba install -y -c conda-forge -c bioconda --strict-channel-priority r-data.table r-dplyr  r-ggplot2 r-patchwork r-ggalluvial r-stringr r-forcats r-tibble \
  bioconductor-biomart bioconductor-zellkonverter bioconductor-singlecellexperiment

# install.packages("IRkernel", repos="https://cloud.r-project.org")
IRkernel::installspec(user = TRUE, name = "faxai-r", displayname = "R453 Faxai")
q()

Rebuild 重建

现在如果迁移成功的话，我们账号通过最新的10.190.xxx.xxx登录节点之后，应该得到下面的结果：

pwd

输出为：

/home1/chenzhh

而请注意，

pwd -P

输出为：

/cwStorage/home/chenzhh

其中：

$HOME 是你登录环境里的家目录写法

pwd -P 会给你当前目录的物理路径

基础配置（mamba安装、jupyter的启动）

〇查看架构

uname -m
arch
#任选其一

①下载

wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/download/26.1.1-3/Miniforge3-26.1.1-3-Linux-x86_64.sh
# 或者本地下载再传到服务器上
echo "b25b828b702df4dd2a6d24d4eb56cfa912471dd8e3342cde2c3d86fe3dc2d870  Miniforge3-26.1.1-3-Linux-x86_64.sh" | sha256sum -c -

②运行安装脚本

#因为过于熟悉，咱们直接非交互式安装了就💦
bash Miniforge3-26.1.1-3-Linux-x86_64.sh -b -p "$HOME/miniforge3"

③check step 1:

验证conda可以使用

source "$HOME/miniforge3/etc/profile.d/conda.sh"

conda activate

④写入`~/.bashrc`

# ~/miniforge3/bin/conda init bash
上一步骤并非必须，因为conda确实能够被mamba平替，以及实践操作下来，下面的步骤完成以后一样可以使用conda
export MAMBA_ROOT_PREFIX="$PREFIX"
"$PREFIX/bin/mamba" shell init -s bash -r "$MAMBA_ROOT_PREFIX"

⑤check step 2:

新打开一个终端：

echo "$MAMBA_ROOT_PREFIX"
which mamba
mamba info

没有报错则说明安装成功

⑥附：更新`.condarc`

mamba config list --sources

应该会得到类似输出：

channels:
  - conda-forge  # '/cwStorage/home/chenzhh/miniforge3/.condarc'
mirrored_channels:
  conda-forge:
    - https://conda.anaconda.org/conda-forge  # '/cwStorage/home/chenzhh/miniforge3/.condarc'
    - https://prefix.dev/conda-forge  # '/cwStorage/home/chenzhh/miniforge3/.condarc

我的建议是统一存储在~/.mambarc

conda config --file ~/.mambarc --set show_channel_urls true

然后

cat > ~/.mambarc <<'YAML'
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - nvidia
channel_priority: strict
show_channel_urls: true
YAML
# 清理索引缓存，让新源立即生效
conda clean -i -y

就大功告成了

⑦附：重新搭建Jupyter

安装&基础配置生成

mamba activate base
mamba install jupyter -y
jupyter server --generate-config
# Writing default config to: '/cwStorage/home/chenzhh/.jupyter/jupyter_server_config.py'

设置密码

jupyter server password
# Enter password: 
# Verify password:

查看当前运行的jupyter

jupyter server list
# Currently running servers:
# http://localhost:1224/ :: /cwStorage/home/chenzh

关掉

jupyter server stop 1224

启动

nohup jupyter lab --config="$HOME/.jupyter/jupyter_server_config.py" \
  > "$HOME/jupyter_log/log_jupyter_1224_$(hostname).log" 2>&1 &

⑧`~/.condarc`

# ~/.condarc
channels:
  - defaults
  - conda-forge
channel_priority: flexible

mamba 环境迁移

起因：某个大傻纸把所有的cfff上所有的mamba环境都安装在/home下面了；但后面要使用HPC的时候，只能调用/cpfs01/projects-HDD/cfff-afe2df89e32e_HDD/目录下的内容，因此导致需要将mamba环境迁移到后面的目录中

操作

SRC=/home/zy_22111220045/miniconda3/envs/scenicplus
DEST=/cpfs01/projects-HDD/cfff-afe2df89e32e_HDD/zy_22111220045/Env/scenicplus
mkdir -p "$(dirname "$DEST")"
conda create --prefix "$DEST" --clone "$SRC" --copy -y

# find "$DEST" -type d -name "__pycache__" -prune -exec rm -rf {} +
# grep -R "/home/zy_22111220045/miniconda3/envs/scenicplus" -n "$DEST/bin" | head
# grep -RIn --binary-files=without-match "/home/zy_22111220045/miniconda3/envs/scenicplus" "$DEST/bin" | head

其中

conda create：创建一个新环境。

--prefix "$DEST"（等价 -p "$DEST"）：把新环境创建在这个绝对路径。

--clone "$SRC"：从现有本地环境复制一份到新环境（尽量做到“同一个环境的拷贝”）。

--copy：安装/落盘时用复制，而不是硬链接/软链接（跨文件系统时更稳，尤其你从 /home 到 /cpfs01）。

-y：自动回答 yes

使用的时候便可以:

conda activate /cpfs01/projects-HDD/cfff-afe2df89e32e_HDD/zy_22111220045/Env/scenicplus