gsMap

CZHanoiApril 3, 2026

Install

mamba create -n gsMap python>=3.10
mamba install -c conda-forge "numpy<2" pandas scipy scikit-learn matplotlib seaborn tqdm pyyaml python-kaleido zarr bitarray jinja2 plotly scanpy scikit-misc pyarrow
mamba install -c conda-forge -c bioconda "bitarray<3" pyranges sorted_nearest
git clone https://github.com/JianYang-Lab/gsMap
cd gsMap
pip install -e .

Tips

①不要把bcftools和gsMap装在同一环境，会有底层库冲突；

# Trait: 26748-2.0
nohup bash /public/home/chenzhh/Ashoka/Goni2/02_gsmap_trait_step4_6.sh \
  26748-2.0 /cwStorage/nodecw_group/YL_data/new_image/GSMAP/gsmap_26748-2.0.tsv 200 \
  > /public/home/chenzhh/Ashoka/Goni2/logs/26748-2.0.step4_6.nohup.out 2>&1 &

# Trait: 26653-2.0
nohup bash /public/home/chenzhh/Ashoka/Goni2/02_gsmap_trait_step4_6.sh \
  26653-2.0 /cwStorage/nodecw_group/YL_data/new_image/GSMAP/gsmap_26653-2.0.tsv 200 \
  > /public/home/chenzhh/Ashoka/Goni2/logs/26653-2.0.step4_6.nohup.out 2>&1 &

# Trait: 27211-2.0
nohup bash /public/home/chenzhh/Ashoka/Goni2/02_gsmap_trait_step4_6.sh \
  27211-2.0 /cwStorage/nodecw_group/YL_data/new_image/GSMAP/gsmap_27211-2.0.tsv 200 \
  > /public/home/chenzhh/Ashoka/Goni2/logs/27211-2.0.step4_6.nohup.out 2>&1 &

# Trait: 27513-2.0
nohup bash /public/home/chenzhh/Ashoka/Goni2/02_gsmap_trait_step4_6.sh \
  27513-2.0 /cwStorage/nodecw_group/YL_data/new_image/GSMAP/gsmap_27513-2.0.tsv 200 \
  > /public/home/chenzhh/Ashoka/Goni2/logs/27513-2.0.step4_6.nohup.out 2>&1 &

# Trait: 26663-2.0
nohup bash /public/home/chenzhh/Ashoka/Goni2/02_gsmap_trait_step4_6.sh \
  26663-2.0 /cwStorage/nodecw_group/YL_data/new_image/GSMAP/gsmap_26663-2.0.tsv 200 \
  > /public/home/chenzhh/Ashoka/Goni2/logs/26663-2.0.step4_6.nohup.out 2>&1 &

皮层兴奋性神经元（GLU，谷氨酸能）

L2/3_IT_GLU：皮层 第2/3层 IT（皮层内在投射型，intratelencephalic）谷氨酸能兴奋性神经元
L4/5_IT_GLU：皮层 第4/5层 IT 谷氨酸能兴奋性神经元
L5_IT_GLU：皮层 第5层 IT 谷氨酸能兴奋性神经元
L5_PT_GLU：皮层 第5层 PT（锥体束型，pyramidal tract）谷氨酸能投射神经元
L5/6_NP_GLU：皮层 第5/6层 NP（近程投射型，near-projecting）谷氨酸能兴奋性神经元
L6_IT_GLU：皮层 第6层 IT 谷氨酸能兴奋性神经元
L6_Car3_GLU：皮层 第6层 Car3 表达的 谷氨酸能兴奋性神经元
L6_N_GLU：皮层 第6/6b层 皮质-丘脑（corticothalamic）或近程投射（near-projecting）谷氨酸能神经元

端脑（Telencephalon, TE）神经元

TE_N_GLU：端脑 谷氨酸能神经元（兴奋性）
TE_N_GABA：端脑 GABA 能神经元（抑制性）

端脑 GABA 神经元亚型（按经典标记基因命名）

TE_N_GABA_PVALB：端脑 Pvalb（副肌钙蛋白）阳性 GABA 能中间神经元
TE_N_GABA_SST：端脑 Sst（生长抑素）阳性 GABA 能中间神经元
TE_N_GABA_VIP：端脑 Vip（血管活性肠肽）阳性 GABA 能中间神经元
TE_N_GABA_LAMP5：端脑 Lamp5 阳性 GABA 能中间神经元
TE_N_GABA_SNCG：端脑 Sncg（γ-突触核蛋白）阳性 GABA 能中间神经元
TE_N_GABA_RELN：端脑 Reln（Reelin）阳性 GABA 能中间神经元
TE_N_GABA_CHODL：端脑 Chodl 阳性 GABA 能中间神经元
TE_N_CHO：端脑 胆碱能（Cholinergic）神经元（通常对应 ChAT/VAChT 系统）

间脑+中脑（Diencephalon + Mesencephalon, DIME）神经元

DIME_N_GLU：间脑/中脑 谷氨酸能神经元
DIME_N_GABA：间脑/中脑 GABA 能神经元
DIME_N_GAL：间脑/中脑 Galanin（加兰素）能神经元
DIME_N_AVP：间脑/中脑 AVP（精氨酸加压素/抗利尿激素）能神经元
DIME_N_HCRT：间脑/中脑 HCRT/Orexin（食欲素/下丘脑分泌素）能神经元
DIME_N_DOP：间脑/中脑 多巴胺能神经元

海马/嗅球/纹状体/后脑相关神经元

DG_N_GLU：海马 齿状回（Dentate Gyrus）谷氨酸能神经元
CA1_N_GLU：海马 CA1 区谷氨酸能神经元
CA3_N_GLU：海马 CA3 区谷氨酸能神经元
OB_N_GABA：嗅球（Olfactory Bulb）GABA 能神经元
STR_NBL：纹状体（Striatum）神经母细胞/未成熟神经元（Neuroblast-like）
RH_N_SER：后脑/菱脑（Rhombencephalon）5-羟色胺（血清素）能神经元
RH_N_GLU：后脑/菱脑（Rhombencephalon）谷氨酸能神经元
CNU_N_GABA：大脑核团（cerebral nuclei）GABA 能神经元

胶质细胞与血管/上皮相关细胞（非神经元）

ASC：星形胶质细胞（Astrocyte）
OL：少突胶质细胞（Oligodendrocyte）
OPC：少突胶质前体细胞（Oligodendrocyte precursor cell）
MGL：小胶质细胞（Microglia）
VLMC：血管-软脑膜细胞（Vascular leptomeningeal cells）
EPC：室管膜细胞/室管膜上皮细胞（Ependymocyte/Ependymal cell）
EDC：通常指 血管内皮细胞（Endothelial cell）（在你这套“VLMC + EPC + CHOR”的组合里最常见的对应就是内皮；若你愿意贴一下该类在参考注释表里的英文描述/marker，我可以把它定得更死）
CHOR：脉络丛上皮细胞（Choroid plexus epithelial cell）
HYPC：该缩写在不同参考里可能指向不同上皮/室管膜相关细胞亚群；就你这套标签结构来看，多数情况下它对应 下室管膜/室管膜相关上皮细胞亚群（如果你把该类的 marker 基因或参考注释表那一行贴出来，我可以给到确定中文名）